Il microtomo è composto da una base rettangolare su cui sono poste una vaschetta che serve da sgocciolatoio e una struttura metallica. Questa struttura ospita da un lato un binario su cui scorre il carrello porta-lama e dall'altro un binario verticale entro cui scorre una piastra con la morsa porta-preparato. Completano la struttura un cerchio graduato e una leva che manovra direttamente la piastra