Organo a una tastiera, a trasmissione meccanica, posizionato in cantoria, nella terza campata a destra, in nicchia ricavata nella muratura, nei pressi del presbiterio. Lo strumento attuale è attribuibile a Vittore Ermolli di Varese in quanto suoi sono il somiere maggiore, alcuni registri e l’impostazione generale. I materiali e le tecniche impiegate dall’Ermolli indicherebbero quale epoca dell’intervento la fine dell’Ottocento (stringenti analogie sono presenti, ad esempio, nel suo strumento del 1895 di Gravedona sul lago di Como) e la data 1898 del Cronicon ben si attaglia alle indicazioni fornite dai materiali. Nella costruzione dell’attuale strumento l’Ermolli riutilizzò molto materiale dell’organo precedente attribuibile, sempre mediante analisi stilistiche comparative, a Eugenio Biroldi di Varese. Un intervento nella seconda metà dell’Ottocento, con ampliamento dei registri di pedale, è invece riconducibile a Giacomo Locatelli di Bergamo. Si registra un intervento inutile e dannoso ad opera di Giovanni Bianchi di Casciago nel 1972