Il Cinquecento si apre con gli affeschi di Francesco Carminati detto il Soncino: la cappella della Trasfigurazione, il San Giovanni Battista con un donatore e San Francesco posto nella terza campata destra, e, nella campata precedente, una grandiosa Immacolata Concezione con San Francesco, San Bonaventura e un donatore, incorniciato da due lesene dipinte con motivi a candelabra con strumenti musicali e profilatura su fondo giallo con motivi fitomorfi intervallati da rosoncini. In alto nella mandorla lumonosa sorretta dagli angeli, appare la Vergine quale mulier amicta solis, indicata da San Francesco, mentre San Bonaventura protegge il committente. Le figure terrene si stagliano al di qua di una balaustra che si apre su un vasto paesaggio. Un anonimo artista affresca poi la cappella Vignati in controfacciata, come attesta lo stemma dipinto nella cornice marcapiano. Al centro la Madonna in trono col Bambino tra San Rocco e Sant'Antonio abate; nella parte superiore della stessa zona muraria rimane una Crocifissione tra la Vergine e San Giovanni, mentre a destra si trova il sepolcro di Aurelio De Lemene affrescato a grottesche, con Mosè e Davide e l'Annunciazione, con la plastica figura dell'angelo e la posa avvitata della Vergine, dalle delicate lumeggiature sull'abito.