Il battistero ha attualmente una struttura modificata rispetto all'assetto originario. Lo sviluppo in altezza era inferiore dell'attuale, mentre le otto finestre erano più ampie e delimitate in origine da una sequenza più numerosa di colonnine: costituivano una sorta di diaframma traforato che metteva in relazione l'interno della struttura con l'esterno. Sugli spigoli dell'edificio ottagonale vi sono otto pilastrini in marmo rosso di Verona entro i quali sono scavate nicchie con le figure allungate delle tre Virtù Teologali (Fede, Speranza, Carità) e delle quattro Cardinali (Fortezza, Temperanza, Giustizia, Prudenza) con l'aggiunta della Pazienza: sotto ciascuna di esse è raffigurato il Vizio corrispondente. All'interno, scomparsa l'antica vasca a immersione ottagonale, i rilievi che ornavano le sue otto facce sono stati ricollocati sulle pareti del piccolo tempio. La statua di San Giovanni Battista, che era posta in origine al centro della vasca sotto un baldacchino, è ora sistemata in posizione dominante sulla parete di fronte all'ingresso.