I tre santi stanno in piedi all'interno di un portico definito da elementi architettonici di ispirazione rinascimentale: al centro c'è Margherita di Antiochia, la santa titolare dell'altare per cui venne realizzato il dipinto. La nicchia con la volta rivestita d'oro contribuisce a isolare e a metterne in rilievo la figura che è corredata, con chiarezza didascalica, dagli attributi utili a identificarla: la croce e il drago. A destra c'è S. Girolamo con il leone e il libro, vestito di una semplice tunica candida indossa però un manto rosso che evoca anche il titolo cardinalizio, mentre a sinistra compare S. Francesco, contraddistinto dal saio e dalla croce. Completano la composizione due angioletti che, appoggiandosi all'architrave, sostengono un festone con un cartiglio e dei limoni e creano un curioso contrappunto con i rilievi raffiguranti dei cherubini che caratterizzano la cornice architettonica che li sovrasta.