La scena rappresenta Carlo Borromeo impegnato in varie azioni benevole nei confronti dei bisognosi durante la peste che infuriò a Milano, come in gran parte del nord Italia, nel 1576. Il beato (quando l'affresco fu realizzato Carlo era stato da poco beatificato) è raffigurato mentre procede a piedi sostenendo la reliquia del Santo Chiodo, circondato da un lungo corteo di prelati e chierici che prosegue anche nello sfondo. Il beato torna a essere protagonista sulla destra, figurando nei consueti abiti da vescovo mentre impartisce la comunione a un appestato a letto. Sulla sinistra, in primo piano, l'attenzione è rivolta al dramma della peste: sono visibili vari cadaveri, riversi a terra l'uno sopra l'altro, mentre a fianco uno di essi sta per essere sotterrato in una fossa.