La cappella presenta, sulle tre pareti, scene affrescate relative al Diluvio universale, all'Entrata degli animali nell'arca, alla Fine del Diluvio e all'Ebrezza di Noè. Le composizioni sono contaddistinte da visioni all'aperto contrassegnate dalla presenza di figure umane e di animali, entrambi rappresentati in scala ridotta. L'attenzione del pittore sembra essere rivolta alla descrizione della varietà degli animali e degli uccelli, senza tuttavia omettere di soffermarsi sulle scene più intensamente drammatiche, come i casi di coloro che annegano, arrivando sino alla fredda analisi dei cadaveri disseminati a terra dopo il Diluvio. Le storie del Diluvio universale si ricollegano all'affresco del Battesimo di Cristo che le fronteggia nella chiesa claustrale, quale prefigurazione di quel momento della salvezza, secondo quanto chiarisce san Pietro nella prima Lettera (3, 20-21): "Dio nella sua longanimità attese, nei giorni di Noè, che fosse costruita l'arca, nella quale otto persone, in tutto, trovarono scampo dall'acqua, figura, questa del Battesimo che ora salva noi".