Entro una nicchia a fondo blu con colonnine ed arco gotico, è racchiusa la figura del Santo, raffigurata in piedi di prospetto e vestita di corta tunica verde con mantello e calze rossi e calzari viola. Il capo, cinto da aureola, ha lunghi capelli e barba grigi. La mano destra è sollevata e nella sinistra tiene la palma del martirio. La composizione si inserisce entro una cornice rettangolare da disegni di foglie e rosoncini. All'altezza della testa, in caratteri gotici, la scritta: S.FLAVIANUS La vetrata è rilegata in piombo