L'altare incorniciato da due paraste scanalate si innalza su un alto zoccolo di marmo, al centro del quale un pannello in rilievo raffigura coppie di putti e l'immagine del Santo. Al di sopra si trovano il tabernacolo e il reliquiario ovale con il braccio di San Francesco Saverio. Quattro maestose colonne affiancano la pala d'altare e sostengono il timpano curvilineo spezzato con alla sommità il gruppo scultoreo con la Gloria del Santo. Due grandi stemmi e festoni vegetali completano la decorazione