Il soffitto ligneo della navata si compone di diversi riquadri, tre più grandi nella zona centrale cui fanno da cornice una serie di quadrati che recano simboli liturgici, calici eucaristici, anfore incrociate e cherubini. Al centro è raffigurata, in un ovato con cherubini agli angoli, la Madonna della Misericordia che accoglie sotto il manto i confratelli. Tra essi si individuano due personaggi in primo piano, forse Iacopo e Agnolo, fondatori della Compagnia. Intorno alla figura divina sono gli emblemi della confraternita e i due stemmi cardinalizi di Alessandro Farnese e Ottone di Turchess von Waldburg, cardinale di Augusta. Oltre alla Vergine compaiono nel soffitto i santi Pietro e Paolo