Oltre l'arco trionfale, sovrastato dallo stemma dei francescani, si apre l'altare maggiore, leggermente sopraelevato. Sui finchi due insiemi architettonici - uguali ai due posti dopo la terza cappella a sinistra e a destra al centro della Basilica - ornano gli ingressi ai vani laterali che conducono alla cripta. Al centro si trova l'altare settecentesco in marmi policromi, sulla cui fronte si apre una grata attraverso la quale è visibile l'urna del Santo, collocata nella cripta sottostante. Su di esso è il tabernacolo anch'esso in marmo. dietro l'altare sono visibili le canne del moderno organo. Il catino absidale, al di sopra delle monofore trecentesche tra le quali è dipinta una finta architettura, è decorato con un dipinto ad affresco con la figura di S. Giuseppe da Copertino attorniato da angeli cantori