L'attuale impianto della Chiesa dello Spirito Santo è costituito da una navata centrale, a pianta rettangolare, e da una navata laterale destra, formata da due cappelle comunicanti tra loro. Sul fondo, la Chiesa termina con un'abside a pianta quadrata, sormontata da una cupola in muratura costotonata. La navata principale è coperta da una volta a botte ad incannucciato, sovrastata da una copertura a tetto a falde inclinate, costituita da strutture lignee a capriate. La navata laterale è costituita da due cappelle, a pianta quadrata, comunicanti tra loro attraverso un grosso vano coperto da una volta a botte, e sormontata da due altre a crociera su pennacchi. La struttura muraria portante è in pietra mista, ricoperta da intonaci e stucchi