La chiesa, nonostante le ridotte dimensioni, presenta un’architettura ben riuscita, con due navate separate da una fila di pilastri e terminanti nell’area presbiteriale, ed il soffitto piano per l’aula e voltato a botte oltre l’iconostasi. Le pareti interne sono decorate a rilievo, come la croce equilatera presente nel catino absidale, oppure a pittura, come nelle arcate della navata principale. L’attuale accesso al complesso è consentito da un’unica apertura che immette nel grande vano centrale, a pianta trapezoidale e due pilastri centrali, caratterizzato dalla presenza di numerose nicchie disposte lungo le pareti: ora piccole (forse per le lucerne) e ora grandi ad arcosolio (probabili giacitoi, corredati come sono di cuscini in pietra) che, assieme agli ambienti più piccoli (di servizio), inducono appunto ad ipotizzare la presenza di una comunità di monaci anacoreti. Nella zona retroabsidale è stata ritrovata una tomba, la cui posizione nella parte più sacra della chiesa è un onore che solitamente era tributato solo ai Santi o alle persone ritenute tali, connotando questo ipogeo come una sorta di santuario