La chiesa a pianta rettangolare, a tre navate, è lunga 64 metri e larga 28. La particolarità dell’impianto è costituita dalla cripta anulare Cripta di Giosuè collocata al di sotto dell’altare maggiore. Le reliquie di San Vincenzo si conservavano in questo ambiente abbellito da affreschi raffiguranti personaggi a mezzo busto, fra i quali forse lo stesso abate Giosuè e il suo successore Talarico. Lungo il lato nord, vicino all’ingresso originale, si conservano i resti della cappella di Santa Restituta