La grande sala interna della cavità in un momento precedente l’età del Bronzo doveva presentarsi ostruita da importanti fenomeni di crollo, rendendo l’ambiente praticabile solo lungo i lati dove si concentrarono le attività umane; al contrario, gli ambienti secondari, aprendosi sul fondo, risultavano accessibili. Relativamente agli usi cui fu destinata la grotta, è possibile che a partire dal XVIII secolo a.C. la cavità fosse stata adoperata principalmente come luogo di culto. Le cerimonie, forse coincidenti con l’alternarsi delle stagioni e quindi con precisi momenti di cambiamento, dovevano svolgersi in ambienti nascosti che potessero garantire riservatezza. A questo scopo si rese necessaria la realizzazione di strutture sotterranee minori, sfruttando le profonde nicchie e gli anfratti laterali oppure le cavità sul fondo. Un esempio di questo tipo è il cosiddetto “Ipogeo delle Pigne”, che si apriva su un lato della sala centrale della grotta e che fu così denominato per il rinvenimento al suo interno di un vasetto rituale contenente pigne carbonizzate. Queste probabilmente costituivano alcune delle tante offerte rituali rinvenute sul pavimento della struttura assieme a aree di fuoco, ossa animali combuste e vasi intenzionalmente rotti dopo l’uso. Gli archeologi si sono a lungo interrogati sul significato di simili ritrovamenti, giungendo alla tesi più probabile che potesse trattarsi di rituali propiziatori che avvenivano in precisi momenti dell’anno e che erano ricollegabili alle attività agrarie. Simili culti furono svolti per un determinato periodo di tempo anche in un altro spazio ipogeico di antica scoperta: questo si apriva sul fondo della grotta di Manaccora ed era formato da un ambiente semicircolare che dava accesso ad un uno stretto e lungo diverticolo, meglio noto come “Grotticella Funeraria”. Questo angusto spazio fu così chiamato in seguito alle indagini archeologiche che, a partire dagli anni ’30 del ’900, ne accertarono un utilizzo funerario tra il XVI e il XV secolo a.C. circa, successivo pertanto alla frequentazione cultuale. Al suo interno trovavano sepoltura, infatti, numerosi individui di ambo i sessi e di tutte le età, probabilmente parenti di diverso grado, spesso accompagnati da armi e monili oppure riccamente adornati con gioielli che, realizzati anche in materiale prezioso ed esotico, documentano anche una fitta rete di scambi a lunga distanza. Questo, tuttavia, non fu l’unico ambiente della cavità adoperato come tomba collettiva in quel periodo. Nel punto più interno di Grotta Manaccora e in strette fenditure che si aprivano lungo le sue pareti trovavano spazio altre sepolture. A partire dal momento in cui i vari spazi ipogeici vennero trasformati da luoghi di culto in tombe, le cerimonie che avevano luogo nella sala centrale della cavità erano forse principalmente legate ai seppellimenti dei defunti, cui si rendeva onore. In seguito alla parentesi funeraria, la grotta venne adoperata per nuovi e differenti usi: tra il XIII e il XII secolo a.C. essa divenne teatro di nuove pratiche di stampo rituale (forse riti di passaggio) che prevedevano la deposizione di resti umani selezionati, mentre tra l’XI e il X secolo a.C. si registrò un cambiamento decisivo che portò ad un uso prevalentemente abitativo della grotta. Strutture capannicole, localizzate specialmente sul fondo della cavità, erano segnalate da buche di palo e talvolta da muretti in pietrame a secco, addossate alle pareti rocciose della grotta e coperte da probabili tettoie in legno. Nei pressi di alcune abitazioni sono state rinvenute testimonianze relative ad attività di lavorazione del metallo, di filatura e tessitura, nonché di lavorazione del latte. Un ultimo uso funerario, in un momento finale dell’età del Bronzo, è documentato dal ritrovamento di bambini morti deposti in grandi contenitori che vennero interrati in una sorta di lunga trincea scavata tra una grande capanna e la retrostante parete rocciosa della grotta. Evidenze di carattere produttivo e abitativo sono documentate anche sul promontorio sovrastante la Grotta di Manaccora: qui, un vasto insediamento, segnalato da numerose capanne e strutture funzionali, come canalette per lo smaltimento delle acque, sarebbe stato frequentato dall’età del Bronzo fino alla prima età del Ferro (II-I millennio a.C.) e doveva essere dotato, verso la terraferma, di un terrapieno di fortificazione