la sequenza archeologica stratigrafica del sito di San Pietro è costituita da un deposito archeologico di quattro metri di profondità, intercettato dalle strutture di fondazione del complesso conventuale e della chiesa di S. Pietro. Sul fondo di uno dei saggi archeologici mantenuti a vista si conserva un lembo del paleosuolo dell'Età del Bronzo (II millennio a.C.), epoca cui risale il più antico insediamento di Bari, localizzato all'estremità del promontorio. La tomba a sarcofago che ad esso si sovrappone e che ha restituito reperti di età classica ed ellenistica ( V-IV sec.a.C.), rappresenta una significativa testimonianza dell'insediamento peucezio preromano, già documentato nell'area, in particolare dal ritrovamento nel 1912 di un ricco corredo di età arcaica (VI sec. a.C.). Se del convento francescano di S. Pietro rimanevano in piedi, dopo la demolizione del 1969, alcuni pilastri del chiostro, si era invece persa ogni traccia dell'antica chiesa di San Pietro, demolita nel 1811. In parte individuata nel 1986, la chiesa è stata messa nuovamente in evidenza con le indagini archeologiche del 2005 e del 2012. Dell'edificio medievale (XII sec.) a tre navate absidate sono riemersi i resti dei muri perimetrali e dei pilastri divisori delle navate e alcuni lembi della pavimentazione a tasselli di calcare locale. L'impianto a tre navate risulta modificato nel XV secolo con la costruzione del convento, il cui chiostro si sovrappone alla navata settentrionale della chiesa, che nel Seicento la è stata riedificata sulle strutture della chiesa più antica, con un assetto a navata unica e con due serie di cappelle laterali