Le prime tracce di utilizzo del sito di Egnazia risalgono alla prima metà del II millennio a.C., quando si forma un piccolo insediamento costiero sul promontorio situato tra due insenature adatte all'approdo, noto come 'Acropoli', che si sviluppa come villaggio capannicolo fortificato. Nelle fasi finali dell'età del Bronzo si registra un primo ampliamento dei limiti dell'insediamento, che non subisce grandi variazioni nella successiva prima età del Ferro (IX-VII secolo a.C.). Recenti indagini archeologiche hanno consentito di individuare tracce di capanne anche al di fuori di quello che era il tracciato originario delle mura difensive, in corrispondenza di quella che sarà l’area civile della città romana. In età arcaico-classica (VI-V secolo a.C.) Egnazia si trova ad essere il centro più settentrionale di cultura messapica, posto al confine con l’area di cultura peucezia diffusa nella Puglia centrale. Sull'acropoli permane il nucleo insediativo principale, riservato all’élite aristocratica che guida la comunità; la parte centrale del pianoro inoltre è occupata già a partire dal VI-V secolo a.C. da un edificio in muratura con probabile destinazione cultuale. A ridosso dell'altura, verso il mare e nel retroterra si insediano altri piccoli nuclei abitativi con annessi spazi sepolcrali e impianti produttivi, secondo il modello “a nuclei sparsi” riscontrabile in altri centri apuli in età preromana. A partire dalla seconda metà del IV secolo a.C. l'insediamento di Egnazia, in analogia a quanto si registra in molti altri centri della Puglia, sembra avere una evoluzione urbanistica, dotandosi di un circuito murario intorno a cui viene scavato un fossato, rispondendo ad evidenti esigenze difensive. La cinta muraria è costituita da un muro in opera quadrata a scarpata, appoggiato ad un aggere di terreno sostenuto da muri di controspinta. Nel IV-III secolo a.C. il circuito murario racchiude un'area di circa 140 ettari, all'interno della quale cominciano a delinearsi i primi spazi pubblici. Dopo la conquista romana del territorio apulo, tra II secolo a.C. e I secolo d.C., la città viene organizzata sulla base di un progetto urbanistico unitario, con la razionalizzazione della rete stradale, che divide lo spazio destinato agli edifici pubblici da quello destinato ai quartieri residenziali e artigianali. I due settori sono fisicamente separati dalla via principale, la antica via Minucia, a partire dalla quale partono una serie di strade secondarie perpendicolari, che definiscono lo sviluppo di lunghi isolati. Una volta divenuta municipium, Egnazia assume l’assetto urbanistico proprio delle città romane, si dota di un foro e di una basilica per l’amministrazione cittadina; nella zona meridionale viene realizzato un grande portico sotterraneo a quattro bracci (criptoportico), sormontato verosimilmente da un grande edificio pubblico di cui al momento non è possibile definire con precisione le caratteristiche. L'insenatura a sud del promontorio dell'acropoli viene riorganizzata con opere imponenti per ospitare il porto, oggi sommerso. Sul lato sud-orientale dell'area del foro sono inserite le terme, mentre a nord della via Minucia, nella ampia fascia destinata ai monumenti e agli spazi pubblici, viene ristrutturata anche la piazza commerciale. Sul pianoro dell'acropoli viene impostato un grande santuario dedicato verosimilmente a Venere. Nel corso dei primi decenni del II secolo d.C, si assiste a nuovi interventi di urbanizzazione, con la sistemazione viaria in cui la via Traiana si sovrappone al tracciato precedente e la risistemazione della piazza commerciale, che viene lastricata e delimitata da un doppio portico, del complesso termale e dell'area sacra dedicata al culto delle divinità orientali. Le aree sepolcrali, secondo l’uso romano, diventano extraurbane, disponendosi lungo gli assi stradali principali che escono dalla città. Di particolare interesse la necropoli occidentale, caratterizzata da un settore di tombe a fossa separato da una strada dall’area destinata alle tipologie funerarie più monumentali: tombe a semicamera e a camera, destinate ai ceti più elevati. In età medievale i grandi ipogei saranno riutilizzati a scopo abitativo. Egnazia mantiene questo assetto fino alla fine del IV secolo d.C., quando la città subisce un mutamento insediativo in seguito agli effetti distruttivi di un evento sismico e alle trasformazioni introdotte dalla riforma amministrativa dell'Impero promossa da Costantino. A partire da questo momento e fino alla fine del VI-inizi del VII secolo d.C. si instaura un nuovo modello di città, che sembra influenzata dal ruolo delle autorità ecclesiastiche, in particolare dei vescovi. Sul finire del IV secolo, in un'area precedentemente occupata da una tintoria per tessuti (fullonica), viene costruita la basilica episcopale con il battistero, che poi verrà ulteriormente ampliata nel corso del V-VI secolo d.C. A questa stessa fase è databile anche il primo impianto della basilica meridionale, la costruzione di un piccolo edificio di culto con annesso nucleo cimiteriale nell'area del porto e la probabile riconversione in senso religioso della basilica civile. Nella seconda metà del VI secolo d.C. l’Acropoli viene dotata di una cinta muraria e di un edificio quadrangolare fortificato (castrum), in cui i segni di utilizzo persistono fino al XII secolo d.C., quando Egnazia risulta ormai abbandonata, probabilmente perché la popolazione si rifugia nell’interno del territorio per sottrarsi alle incursioni saracene. L'area archeologica si presenta oggi divisa in due parti dal passaggio della SP 90, che separa la penisoletta dell'Acropoli dall'area urbana. Al parco archeologico si affianca a SO il Museo Archeologico Nazionale di Egnazia che conserva le testimonianze archeologiche raccolte nel sito in più di un secolo di scavi e ricerche