La basilica di S. Simpliciano (Basilica Virginum), voluta da S. Ambrogio, è situata sull'importante arteria per Como che, attraverso lo Spluga, portava in Renania. La chiesa sorge in un'area che non sembra essere destinata ad uso funerario prima del V sec. d.C. e rappresenta un eccezionale caso di conservazione di una struttura realizzata sul finire del IV sec. d.C. Fatta eccezione per l'abside, riedificata tra XI e XII sec., per la facciata, restaurata nel 1870 e per il vano meridionale, la muratura paleocristiana sopravvive per un'altezza di circa 22 m. Impianto basilicale a croce latina, costituito da una navata unica, absidata, lunga 65,30 m e larga 21,70 m e copertura a capriate lignee. Il braccio corto della croce è formato da due vani laterali di 16,50 x 16 m, più bassi del corpo centrale ed anch’essi a copertura lignea. All'esterno le pareti sono scandite da arcate cieche, disposte su due ordini nella navata e in uno nei vani laterali. All'interno delle arcate si aprono grandi finestre. Il pavimento attuale è sopraelevato di circa 2 m rispetto a quello originale, che era in opus sectile, rendendo così ancora più alto l’edificio che ha fondazioni in conglomerato e alzato a mattoni disposti a fasce orizzontali (opus vittatum), alternate a fasce di mattoni disposti a spina di pesce (opus spicatum). Un primo intervento di ristrutturazione avvenne in epoca longobarda, tra il VI e il VII sec. d.C., con la divisione della navata centrale in tre zone con grandi pilastri a sezione quadrata, il rialzo della pavimentazione e una nuova copertura di cui fa parte una tegola con bollo di Agilulfo e Adiuvardo. Vari rifacimenti si ebbero poi a partire dall'epoca romanica. L'attuale copertura a volte è dell'XI-XII sec. Separato dall'abside e a nord di questa si trova un sacello absidato e voltato attribuibile cronologicamente, sulla base dell'esame delle murature, al V sec. d.C., quindi in un secondo momento rispetto alla chiesa. Nella volta del sacello sono state ritrovate anfore integre, annegate nella malta, a sostegno della struttura del tetto, secondo una tecnica conosciuta anche in altri edifici milanesi (Sant’Ippolito e Sant’Aquilino in San Lorenzo). Nella basilica vennero rinvenute numerose stele, epigrafi ed are; di quelle pagane non si conosce la collocazione originaria, mentre quelle cristiane sono da mettere in relazione alla funzione sepolcrale della basilica. Nel 1813 scavi nel presbiterio portarono alla luce le fondazioni della primitiva abside della basilica, più ampia di quella attuale. Le indagini condotte nel 1957 hanno permesso di individuare sulla parete nord del vano settentrionale la presenza di cinque grandi contrafforti che si appoggiavano allo spazio fra le arcate; lo stesso motivo si ritrova anche sulla parete sud. L'antico pavimento, forse in opus sectile, è stato individuato tra -1,50 e -1,80 m dal piano attuale. L’anno successivo furono individuate le fondazioni della facciata paleocristiana, localizzate sotto quelle attuali. Venne anche individuata una parete paleocristiana, con ampia apertura centrale, parallela alla facciata e distante da essa 7 m. Altre tracce di fondazioni, su cui sono stati impostati i muri delle cappelle realizzate a partire dal XV sec., sono state individuate lungo i fianchi della chiesa. Tali resti inducono ad ipotizzare che la basilica fosse preceduta da un nartece e affiancata lateralmente da due aule o, in alternativa, da un portico ad U che correva intorno alla chiesa. Nel 1981 furono effettuati due saggi al fine di verificare i dati degli scavi degli anni 1957 e 1958. In uno dei saggi (A) una tomba rinascimentale a camera occupava tutta l'area di scavo, mentre nel secondo (B) è invece documentata l'asportazione della pavimentazione originaria, avvenuta in epoca longobarda, e l'innalzamento della stessa con livelli di riporto. L’ultimo scavo, nel 1989, è stato effettuato nei pressi del portale d'ingresso. Sono stati individuati alcuni riempimenti inquadrabili cronologicamente nel IV-V sec. d.C. che si addossavano ad un muro orientato N-S, già individuato negli scavi del 1958, posto sotto la soglia attuale della chiesa. Il muro, messo in luce per un tratto di 1 m, era alto 1,30 m. Era in corsi regolari di laterizi romani spezzati, legati da abbondante malta bianca, la fondazione, a -1,80 m dal pavimento attuale, era in conglomerato di ciottoli e frammenti di laterizi in abbondante malta bianca. La tecnica di costruzione e i dati stratigrafici suggeriscono una datazione all'epoca paleocristiana. Il muro non presenta alcuna traccia di soglia o di porta e pertanto si deve supporre che la basilica non avesse portone centrale d'ingresso, ma probabilmente due aperture laterali