La chiesa di S. Anna è realizzata secondo uno schema planimetrico a navata unica con sette cappelle laterali (più precisamente quattro sul lato sinistro e tre su quello destro). Sul fondo della Chiesa, con un arco trionfale a sesto acuto, si apre una grande abside quadrata coperta con una volta stellare nervata a gemme pendule costruita con conci di pietra regolari e ben lavorati. La navata è coperta per tutta la sua lunghezza da una volta a botte a sezione semicircolare irrigidita da sottarchi impostati su lesene disposte fra gli spazi murari posti fra archi delle cappelle contigue. Su queste lesene “poggia” un'alta cornice modanata che marca la linea di imposta della volta a botte e che converge, su ambo i lati, verso il punto di fuga costituito dall'altare marmoreo barocco costruendo l'ossatura prospettica dello spazio interno. Le cappelle laterali si aprono volta per volta sulla navata con archi differenti che vanno dal semplice arco a tutto sesto privo di qualunque modanatura all'arco ribassato con intradosso e spalle completamente modanate ed intagliate. Lo spazio interno è completamente decorato, sia sulla volta che sulle pareti e sia all'interno delle cappelle, con affreschi di buona mano a disegni naturalistici e geometrici privi di qualsiasi rappresentazione figurativa. All'esterno il volume si presenta invece molto semplice con paramenti lisci rivestiti da un uniforme intonaco chiaro