Su di un cumulo di nubi che gravano quasi sulla sottostante campagna, proiettandovi un'ombra scura, siede come in trono la Madonna in tunica purpurea, circondata da un nimbo rossiccio. Mostra con l'indice della mano sinistra un poggio con tre cipressi raffigurato alle spalle di S. Tommaso addormentato, come una proiezione dei suoi pensieri. Egli, seduto su di una panca di pietra, poggia il viso al palmo della mano, in atteggiamento di composto abbandono. Ai suoi piedi, la mitria e il pastorale, simboli della sua carica abbaziale