La chiesa presenta una facciata a salienti che sottolinea la suddivisione interna a tre navate, di cui le due laterali sono attualmente coperte a terrazza mentre la centrale a doppio spiovente. All'interno la navata maggiore è divisa dalle due più piccole laterali da pilastri, e sono illuminate da aperture a terminazione arcuata, frutto degli interventi del secondo dopoguerra. Le diverse campagne di scavo condotte in sito hanno portato alla luce le tracce delle absidi della struttura precedente, l'originaria posizione del sarcofago di San Caprasio, parte della decorazione a stucco e del pavimento secenteschi, oltre al fonte battesimale all'inizio della navata di destra e a parte delle strutture murarie. Il fondo della navata laterale di destra è occupato dalla torre campanaria, articolata su tre livelli e impostata sulla struttura di una precedente abside minore. Dal lato sinistro del presbiterio si accede ad alcuni vani di servizio all'interno dei quali gli scavi archeologici hanno messo in luce i resti di una delle absidi laterali e le strutture basamentali di un'antica torre quadrangolare, probabilmente identificabili con le tracce di un primitivo campanile. Il raddoppio in elevato di tali locali è opera assai recente e comprende attualmente alcuni ambienti destinati a locali parrocchiali e xenodochio per i pellegrini in transito lungo la Via Francigena. Al mappale C, che interessa l'edificio religioso comprende anche la parte dell'area esterna, attigua alla navata sinistra della chiesa, nella quale sono stati rinvenuti i resti del chiostro dell'antica abbazia, che è stato recuperato riportando alla luce l'acciottolato in pietra e una zona ove si trovava l'antico giardino con al centro l'impluvium. Sul fianco sinistro della chiesa, prosegue la quinta della facciata il volume in pietra dell'edificio identificato con la particella 553, anch'esso di proprietà della parrocchia, dove sono stati rinvenuti i resti della sala capitolare dell'Abbazia, con due imponenti colonne in pietra che sorreggevano le volte di un'ampia aula, distrutte nel corso dei numerosi rifacimenti. All'interno di essa e di altri vani attigui si trova oggi il Museo di San Caprasio, che raccoglie i reperti di epoche diverse recuperati nel corso dei lavori di restauro del complesso. Ai piani superiori del fabbricato si trovano la canonica e ulteriori spazi parrocchiali. Il fabbricato indicato al mappale 585 occupa il lato nord dell'antico chiostro dell'Abbazia e si sviluppa in tre piani fuori terra. Ospita i locali della comunità religiosa con gli ambienti di servizio al piano terra, alcuni spazi didattici della vicina scuola dell'infanzia al primo e la zona di riposo per bambini e le consorelle dell'ordine al secondo livello. Lungo il tracciato di Via Don Minzoni, aperta a seguito dele distruzioni belliche, sorge la nuova scuola dell'infanzia, costruita negli anni Sessanta, costituita da un fabbricato rettangolare articolato su due livelli, di cui il principale rialzato rispetto al piano stradale e l'inferiore di servizio