Lo stendardo raffigura, sullo sfondo dai toni marroni sfumati, Santa Margherita in abito da terziaria francescana, semi genuflessa sulle nubi grigie, con le braccia aperte e gli occhi al cielo; la Santa è circondata da vari angeli con vesti rosse, avorio e azzurre; a sinistra si intravede forse Santa Cecilia in atto di suonare l'organo. Intorno allo stendardo è dipinta una cornice a motivo foliaceo marrone ed oro. Sul retro è rappresentata Santa Margherita orante innanzi al Crocifisso con Angeli ai lati; in basso sono tre stemmi: a sinistra arme della famiglia Medici, al centro stemma papale, a destra arme di Cortona