La zona occupata oggi dal Museo Archeologico e dalla chiesa di San Maurizio sorge su un'area ricca di testimonianze ed ha avuto diverse fasi di frequentazione. La fase più antica, databile alla fine del I sec. a.C., vede la costruzione di un edificio residenziale, a cui nel corso della prima metà del I sec. d.C. si sostituisce un impianto artigianale. Alla metà del I sec. d.C. si colloca la costruzione di una domus che, sebbene con numerose modifiche strutturali, sopravvive fino alla metà del III sec. d.C., quando è distrutta da un incendio. In seguito l'area, che era fuori dalla cerchia muraria repubblicana, rientra nella grande riorganizzazione edilizia voluta da Massimiano alla fine del III sec. d.C. e viene interessata dalla costruzione delle mura, delle torri e del circo. Su queste importanti ed imponenti strutture sorge, tra l'VIII e il IX sec. d.C., un monastero femminile delle benedettine, definito Maggiore ed esteso intorno ad una chiesa dedicata in origine a Santa Maria Madre di Dio e dall'IX sec. a San Maurizio, della quale non rimane nulla. Come campanile viene utilizzata la torre del circo, rialzata e dotata di loggia. Sopravvissuto all'assedio e alle distruzioni del Barbarossa (1158 e 1162) il convento si amplia e si arricchisce nei secoli successivi. Nel 1503 inizia la ricostruzione della chiesa di San Maurizio, decorata dai principali pittori del Cinquecento lombardo, tra cui Bernardino Lini e i figli Aurelio e Gian Piero. Anche l'intero complesso monastico subisce una completa ristrutturazione, cancellando quasi completamente le tracce degli edifici precedenti. Con la soppressione del monastero nel 1798 inizia la disgregazione del complesso che sarà adibito ad altri usi: caserma, scuola, carcere, ospedale militare. Nel 1865 l'apertura delle vie Luini e Ansperto taglia in due la struttura, separando la chiesa dal chiostro orientale e dall'area coltivata. Infine, le strutture furono gravemente danneggiate dai bombardamenti del 1943 e sulle sue rovine sorge tra il 1959 e il 1964 il Civico Museo Archeologico