Nelle facce interne dei pilastri e nell'intradosso dell'arco, la decorazione è composta da riquadri più grandi, ciascuno con una singola figura (angeli, guerrieri, o idigeni), alternati a riquadri più piccoli, con targhe ospitanti immagini di navi. Tutte queste raffigurazioni devono essere collegate alla vita missionaria di San Francesco Saverio, a cui è dedicata la cappella. Sulle pareti laterali si si trovano due porte sormontate da timpano spezzato, al cui centro sono presenti le statue di San Lorenzo (sulla sinistra) e di Santa Marta (sulla destra), entrambe affiancate da una coppia di angeli. Sulla volta si trovano altri angeli, intorno all'ovale dipinto